Это наследие времён запуска ЕГАИС в рознице, от которого постепенно отходят. Т.е. уже в 2021-ом году маркируемый алкоголь практически не будет использовать второй регистр; а за ним последует и пиво, когда маркировка дойдёт и до него.
О том, зачем создали Второй Регистр:
Дело в том, что с запуском ЕГАИС маркируемые бутылки не были "помарочные". Т.е. в системе не хранилась информация о штрих-кодах, только алккоды и Справки Б. И Справку Б определить внешне просто по бутылке соответственно было нельзя (т.е. когда её сканируем, то узнаем только что это за алккод).